Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1977 yılında Dr. Filiz AKŞİT tarafından kurulmuştur. 
Başlangıçta Mikrobiyoloji–Biyokimya–Hematoloji-Kan Bankası olarak tek laboratuvar halinde faaliyet gösterirken,1981’de Mikrobiyolojiye ayrılan mekana geçmiştir ve rutin ve araştırmaya yönelik mikrobiyolojik testler sayı, çeşit ve kalite açısından zenginleştirilmiş, Eskişehir bölgesinin İnfeksiyon Hastalıkları Mikrobiyolojisi  ile ilgili ilk, kapsamlı ve güvenilir epidemiyolojik verileri elde edilmeye başlanmıştır. Üniversitemiz Meşelik kampüsüne 1990 yılında taşınan Anabilim Dalımız halen Bakteriyoloji, Mikoloji, Mikobakteriyoloji, Parazitoloji, Viroloji-İmmünoloji-Seroloji, Moleküler Mikrobiyoloji, Steril Malzeme ve Besiyeri  Hazırlama, Dekontaminasyon ve Yıkama, Hastane Merkez Laboratuvarında Hasta Kabul ve Acil Servis'teki Laboratuvar birimleriyle 24 saat hizmet vermektedir. Anabilim Dalımız Hastane ve Laboratuvar  İnformasyon Sistemlerine (HİS ve LİS) bağlı olup bir seminer salonu, internet olan bir kütüphanesi bulunmaktadır. 
            
Anabilim Dalımız, 1981’den beri fakültemiz 1., 2. ve 3. sınıflarının ve ayrıca Üniversitemiz Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu (SHMYO) ile Eskişehir Sağlık Yüksek Okulu (ESYO)’nun  Mikrobiyoloji derslerini ve yaz stajlarını vermektedir. Anabilim Dalımız Anadolu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi’nin Mikrobiyoloji derslerini 20 yıl yürütmüş ve Açık Öğretim Fakültesi  Programlarında (Kitap yazımı ve TV dersleri)  yer almıştır. Ayrıca Yüksek Lisans ve Doktora  programları mevcuttur. 

Anabilim Dalımıza Tıpta Uzmanlık Sınavı ile araştırma görevlisi alınmakta ve 4 yıllık eğitim sonunda bir hastane Klinik Mikrobiyoloji  Laboratuvarını yönetme  yetkisi kazandıran “Tıbbi Mikrobiyoloji”  Anadal Uzmanlık eğitimi verilmektedir. Araştırma Görevlisi eğitiminde; “çekirdek eğitim programı” çerçevesinde teorik ve pratik dersler, fakültemiz ile SHMYO ve ESYO öğrenci pratiklerinin hazırlanması ve uygulanmasında sorumluluk verilmesi, yılda en az 2 seminer vermesi ve en az 4 makale sunması, Anabilim Dalımızın tüm birimlerindeki  rutin hasta hizmetlerinin yürütülmesi, bilimsel etkinliklere - araştırma projelerine  katılımının sağlanması yer almakta ve bu etkinlikler bir asistan karnesi ile izlenip değerlendirilmektedir. 

Anabilim Dalımız laboratuvarlarında bakteri ve mantar yönünden her tür kültür (aerob, anaerob, mikroaerofil, CO2’li etüv vb.) yapılmakta, hem manuel hem de otomatize sistemlerde mikroorganizma identifikasyon  ve antimikrobiklere  duyarlılık (Vitek, Bactec 9240 otomatize kan kültürü, Bactec 460 radyometrik Mycobacteria  vb.) uygulanmaktadır. Floresan boyama dahil boyalı veya boyasız her türlü mikroskobik mikrobiyolojik inceleme yapılmaktadır. Doğrudan taze inceleme, yoğunlaştırma ile boyalı inceleme, FAT ve kültür yöntemlerine dayalı parazitolojik incelemeler  yapılmaktadır. İmmünolojik ve serolojik temele dayalı olarak çoğu otomatik sistemlerde olmak üzere, Salmonelloz, Bruselloz, Sifiliz, İnfeksiyöz Mononükleoz Viral hepatit (HAV, HBV, HCV, HDV, HEV), TORCH (Toxoplasma, Rubella, CMV), diğer viral ve paraziter hastalıklar (Kızamık, Kabakulak, AİDS, Rotavirus, RSV, Parvovirus, Ekinokok, Leishmania, Amibiazis vb.) çalışılmaktadır. Ayrıca spesifik IgE, total IgE, ECP ve Phadiop testleri ile desteklenen in vitro allerji testleri uygulanmaktadır. Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda Hepatit-B, Hepatit-C, Sitomegalovirus, Tüberküloz, Herpes simplex Virus 1 ve 2, Parvovirus, Papillomavirus gibi mikroorganizmaların PCR ve/veya daha yeni tekniklerle kalitatif ve/veya kantitatif olarak nükleik asit bazlı testler ve ayrıca araştırmalar  için diğer moleküler  testler yapılabilmektedir. 

 Bölüm Doktorları:

Prof. Dr. Gül DURMAZ (Anabilim Dalı Başkanı) / AVESİS

Prof. Dr. Tercan US / AVESİS

Prof. Dr. Nihal DOĞAN / AVESİS

(Tıbbi Parazitoloji Bilim Dalı Başkanı)

Prof. Dr. Yasemin ÖZ / AVESİS

(Mikoloji Bilim Dalı Başkanı)

Prof. Dr. Nilgün KAŞİFOĞLU / AVESİS

Doç. Dr. Fatma ERDEM